L'école doctorale de l'UMa compte cinq Unités de Formation Doctorale (UFD):
- Deux sont logées à l'École Normale Supérieure (ENS). Il s'agit de
- UFD sciences de l'homme et de la société
- UFD langues, littératures et sciences du langage
- Deux sont logées à l'Institut Supérieur du Sahel (ISS). Il s'agit de:
- UFD sciences exactes
- UFD sciences de l'Ingénieur
- Une UFD est logée à la Faculté des Sciences Économiques et de Gestion(FSEG).
- l'UFD Sciences économiques et de gestion et sciences juridiques et politiques